ההיסטוריה של פראג הינה חלק בלתי נפרד מהתרבות הצ'כית האירופאית המהווה סמל חשוב לאומה ולתושביה של המדינה עצמה אשר חיים עד היום את הזיכרונות והדברים שקרו בצ'כיה בשנים שעברו.
האזור שבו ממוקמת פראג היום היה שטח מיושב עוד מתקופת האבן הקדומה. בשנת 200 לפני הספירה לפי הערכה הוקם ישוב בשם זאביסט (Závist) אשר הוקם על ידי קאלטים (שם קיבוצי למספר עמים שישבו באירופה המערבית לפני כיבושה על ידי האימפריה הרומית) אך הישוב לא האריך ימים ושבטים גרמנאיים תפסו את מקומו. לאחר תקופה מסוימת קבוצה אתנית בשם ה"סלאבים" שהיתה בעלת הלשונית הגדולה ביותר באירופה כבשה את האזור ושלטה בן החל מהמאה ה-4 לספירה למרות שבתקופות מסיומות היה המקום תחת כיבוש מונגולי.
האגדה מספרת שפראג כעיר נוסדה על ידי הנסיכה ליבושה ( Libuše) ובעלה פשמיסל (Přemysl) אשר היו מיסדי שושלת פשמיסל במהלך מחציתה השניה של המאה ה-9 לספירה כטירה הנקראת "וישהרד" Výšehrad או בעברית הטירה הגבהה שהוקמה על הגבעה החולשת על הגדה המזרחית של נהר הוולטאבה המקבילה לטירה הנקראת מצודת פראג או המצודה אשר הוקמה ברובע הרדצ'ני (Hradčany) מאוחר יותר.
וישהרד הפך במהירות למקום התישבותם של מלכי בוהמיה (חציה השמאלי של צ'כיה) רבים אשר חלקם אף הפכו ושימשו כקיסרים של האימפריה הרומית הקדושה. הודות ליהודים הרבים שהתיישבו בפראג הפכה העיר במהרה לצומת מסחר מרכזי. על מנת ללמוד עוד על פראג בתקופה זו ניתן להעזר בתעודה של היהודי אברהם אבן יעקב שהיה יועצו של הוזיר מקורובה ומזכיר את פראג בתעודתו משנת 965 לספירה. על פי מקורות אלו בשנת 973 לספירה הייתה העיר לבישופות (אחת הדרגות הגבוהות בהיררכיה של הכנסייה הנוצרית).
גשר יהודית היה שמו של הגשר הראשון שנבנה על נהר הולטאבה בשנת 1170 על ידי המלך ולדיסלב השני. גשר זה התמוטט בשנת 1342 ומאוחר יותר נבנה גשר קארל על חורבותיו. בשנת 1257 לספירה תחת שלטונו של המלך אוטוקאר השני, נבנה בפראג הרובע Malá Strana ("הצד הקטן") סמוך לרובע המצודה Hradčany אשר נועד עבור מקורבי השלטון הגרמנים האצילים שקיבלו שם אוטונומיה (עצמיות בחוק). הרובע החדש נבנה על הגדה המרוחקת מהעיר העתיקה (רובע Staré Město), שהייתה מוגנת באותה תקופה בחומות וביצורים.
עם הזמן פראג המשיכה לשגשג ובמאה 14 לספירה זכתה במלך קארל הרביעי שנולד בשם ואצלאב ובזכותו התמשכה בניית, שיפוץ והרחבת הארמון, הקמת אוניברסיטה מפורסמת הפועלת עד היום הקרויה על שמו, בניית הקתדרלה של ויטוס הקדוש בארמון (הקתדרלה הגותית העתיקה ביותר במרכז אירופה), ובניית העיר החדשה.
תחת שלטונו של המלך ואצלב הרביעי (1378-1419) תאולוג ומרצה באוניברסיטת קארל בשם יאן הוס ( Jan Hus) הטיף לרפורמציה בכנסייה בשל דעותיו וכתוצאה מכך הועלה על המוקד בשנת 1415. בגלל השפעת אירועים אלו על אזרחיה של פראג התמרדו התושבים תחת הנהגתו של הכומר יאן ז'ליבסקי (Jan Želivský) והשליכו את קונסולי העיר מחלון בניין העירייה החדש שהיה אז ממוקם בכיכר העיר הישנה ולכן שתיים עשרה הצלבים הלבנים על המדרכה תחת השעון המעידים על אירוע זה שכונה "ההשלכה הראשונה מהחלון". מותו של הוס המשיך להוסיף להצתת ההפיכה ההוסיטית שהובילה בסוף למותו של המלך הבוהמי זיגמונד בקרב הר טיקוב. במהלך שתי המאות הבאות המשיכה העיר לשגשג ולהשתכלל במסחר ובכלל להשתלב עם האומנות והאדריכלות הגותית.
במאה ה-16 לספירה עברה ממלכת בוהמיה לידי בית הבסבורג, שהיו קתולים, דבר שהשפיע על פראג שהייתה בעלת נטיות פרוטסטנטיות למרות כי בתקופות אלו נמנו בעיות אלו לבלוט, במיוחד בזמן תקופתו של הקיסר רודולף השני ( Rudolf druhý) שעבר להתגורר בפראג ונבחר כמלך חדש על בוהמיה לשנת 1576. בזמן תקפות ממלכתו של רודולף השני אירע הסיפור הידוע עם המהר"ל הקדוש (רבי ליב) והגולם מפראג. רודולף חיבב את היהודים למרות כי לא היה במיוחד אדם דתי ובחצרו הסתובבו לרוב אנשי מדע ואסטרולוגיה, קוסמים ואלכימאים.
בין האירועים החשובים שקרו במאה ה-17 לספירה בפראג היו ההשלכה מהחלון השנייה של פראג וכתוצאה ממנה ניצתה מלחמת שלושים השנים, המלך פרדיננד השני מבית הבסבורג הודח ואת מקומו כמלך בוהמיה תפס פרידריך החמישי, הצבא הבוהמי הובס בקרב ההר הלבן בשנת 1620 (לא רחוק מפראג), וכתוצאה מכך סבלה העיר קשות מחוסר סובלנות דתית תחת האנטי-רפורמה הקתולית, העיר סבלה קשות גם מהכיבוש הסקסוני 1631 והשבדי (1648). יתרה מכך, אחרי שלום וסטפליה, פרדיננד העביר את חצרו לווינה ומעמדה של פראג ירד וגם אוכלוסייתה קטנה מ-60,000 לפני המלחמה ל-20,000 אחריה. ב-1689 פרצה שרפה שהרסה חלקים ניכרים מהעיר.
בשנת 1784 ארבע הערים העצמאיות שקודם-לכן הרכיבו את פראג, הוכרזו לבסוף כעיר אחת. העיר עברה תהליך התרחבות נוסף עם סיפוחם של הרובע היהודי (רובע יוזפוב, Josefov) בשנת 1850 ושל וישהראד בשנת 1883.
במאה ה-19 לספירה אוכלוסיית פראג מנתה מעל 100,000 תושבים. ב-1842 חוברה פראג לרשת מסילות הברזל.
בשנת 1848 מתנגדים הצ'כים לאומיות הגרמנית שחשקה להשפיע ולשלוט עוד יותר על פראג ולערוך מהפכה באירופה.
מלחמת העולם הראשונה מסתימת עם תבוסתה של הקיסרות האוסטרו-הונגרית ויצירתה של צ'כוסלובקיה. פראג נבחרה לבירת המדינה החדשה. בשנת 1930 מנתה אוכלוסיית פראג כ-850,000 איש.
אף על פי שברוב ימיה, פראג הייתה עיר רבת לאומים עם אוכלוסיות צ'כיות, גרמניות ויהודיות בולטות. ב-1938 סופחה צ'כוסלובקיה על ידי הנאצים והעיר נכבשה על ידם. מרבית תושביה היהודים של העיר, שמנו 50,000 איש, נספו בשואה. תושבי פראג מרדו נגד הכובש הנאצי כבר ב-5 במאי 1945 וכעבור ארבעה ימים נכנס הצבא האדום אל העיר וכבש אותה מידי הנאצים.
פראג נהפכה לבירת הרפובליקה הקומוניסטית של צ'כוסלובקיה, שהייתה כפופה לברית המועצות וב-1955 הצטרפה לברית ורשה. תחת השלטון הקומוניסטי סבלה פראג התוססת והאינטלקטואלית מדיכוי חופש היצירה, הביטוי והמסחר.
ב-1989 לאחר נפילת חומת ברלין השתחררה פראג מההשפעות הסובייטיות ונהפכה למדינה חופשית הודות מהפכת הקטיפה שהונהגה בידי המחזאי ואצלב האבל שנפטר בתאריך 18 בדצמבר 2011 ועל שמו נקרא שדה התעופה הראשי של פראג.
בשנת 1993 מתפצלת צ'כסלובקיה לצ'כיה וסלובקיה, ופראג מוכרזת כעיר בירתה של הרפובליקה הצ'כית מאז ועד היום.